Es la secuela directa tras los eventos de la batalla contra Hades y el prólogo Saint Seiya THEN / Next Dimension. La historia comienza con Saori Kido (Atena) perdiendo sus recuerdos debido a una maldición o intervención divina, mientras Seiya se encuentra en un estado muy frágil. Paralelamente, en el purgatorio, la diosa del caos y la muerte violenta Ker (hermana de Hypnos y Thanatos) despierta tras haber dormido durante la guerra, descubriendo con sorpresa la derrota de Hades y comenzando a mover sus fichas para aprovechar la desaparición o debilidad de Atena y los santos.
