Tras haber pasado la mayor parte de su vida en un orfanato, Uryuu Kamihate, un aspirante a médico, finalmente ha encontrado un lugar dispuesto a acogerlo: el santuario Amagami. Solo hay un problema: es un ateo ferviente. Al llegar al santuario, Uryuu descubre que no estará solo. Con él viven tres sacerdotisas (*miko*): la hermana mayor, Yae, de espíritu infantil; la hermana mediana, Yuna, de carácter conflictivo; y la hermana menor, Asahi, bastante traviesa, todas ellas integrantes del hogar Amagami. Mientras que Yae y Asahi ven con buenos ojos su compañía, Yuna se niega a aceptar su presencia y choca constantemente con él debido a sus creencias opuestas. Sin embargo, Asahi no tarda en descubrir la razón detrás de su falta de fe. Justo cuando las cosas empiezan a asentarse, Chidori Amagami, el abuelo de las tres hermanas, revela de repente la condición para que Uryuu pueda quedarse: debe casarse con una de las hermanas y heredar el santuario.
