Ryuuko Matoi es una chica que viaja con una sola hoja de tijera roja, en busca de quien empuña la otra hoja y quien mató a su padre. Llega a la Academia Honouji, una escuela secundaria donde reina el miedo. Está gobernada por el temible consejo estudiantil, liderado por la presidenta del consejo, Satsuki Kiryuuin, quienes utilizan uniformes poderosos para aplastar a cualquiera que se interponga en su camino. Tras sufrir una derrota aplastante a manos de Satsuki, Ryuuko se encuentra con un uniforme escolar poseído llamado Senketsu, quien se une a ella y le otorga habilidades especiales. Junto con Senketsu, Ryuuko se enfrenta a Satsuki y al consejo estudiantil para liberar a la Academia Honouji de su control férreo y descubrir la verdad detrás del asesinato de su padre.
